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ASM Journals美國微生物學會期刊檢索導覽

 

 

 

ASM Journals美國微生物學會期刊檢索導覽

一、前言

美國微生物學會(American Society for Microbiology,ASM)是國際間重要的微生物科學學術團體,創立於1899年,當時名為「美國細菌學會」(Society of American Bacteriologists),直到1960年12月更名。從名稱的演進可見研究視野漸趨全面性,美國微生物學會的研究領域囊括微生物的基礎研究到應用層級的微生物相關疾病,涵蓋所有與微生物相關之研究範疇。

二、ASM Journals美國微生物學會期刊資料庫

(一)ASM Journals美國微生物學會期刊介紹

美國微生物學會期刊資料庫(https://journals.asm.org/)收錄該學會出版的16種期刊,依據2018年Web of Science數據,16種ASM期刊收錄的文獻佔所有微生物學文章總量的26%,且所有微生物學研究的參考文獻有44%出自ASM期刊,由此一窺ASM期刊在微生物學界的權威地位。ASM出版的16種期刊分別是:

  1. 抗菌藥物和化療(Antimicrobial Agents and Chemotherapy)
  2. 應用和環境微生物學(Applied and Environmental Microbiology)
  3. 臨床微生物學評論(Clinical Microbiology Reviews)
  4. EcoSal Plus(大腸桿菌、沙門氏菌及其他腸桿菌期刊)
  5. 感染與免疫(Infection and Immunity)
  6. 細菌學期刊(Journal of Bacteriology)
  7. 臨床微生物學期刊(Journal of Clinical Microbiology)
  8. 微生物學與生物學教育期刊(Journal of Microbiology & Biology Education)
  9. 病毒學期刊(Journal of Virology)
  10. mBio(微生物學)
  11. 微生物學和分子生物學評論(Microbiology and Molecular Biology Reviews)
  12. 微生物學資源公告(Microbiology Resource Announcements)
  13. 微生物學譜(Microbiology Spectrum)
  14. 分子和細胞生物學(Molecular and Cellular Biology)
  15. mSphere(微生物領域)
  16. mSystems(微生物系統)

(二)對企業之效用

美國微生物學會出版的期刊是全球首屈一指的刊物,其中有綜合多領域的刊物,例如mBio涵蓋微生物科學的所有方面,包括病毒學、細菌學、寄生蟲學、真菌學和相關領域;mSphere囊括微生物科學的廣泛領域,不限題材都可收錄;mSystems強調高通量分析和巨量數據分析,以深入了解單細胞和微生物群落的代謝和調節系統,收錄範圍以微生物基因體學(microbiome)、總體基因體學(metagenomic)、基因體學(genomics)、轉錄體學(transcriptomics)、代謝體學(metabolomics)、蛋白質體學(proteomics)、醣體學(glycomics)、生物信息學(bioinformatics)和計算微生物學(computational microbiology)。尤其mSystems對生醫產業的開發工作極為相關,目前製藥、疫苗開發牽涉到大量數據的收集與演算法設計,mSystems收錄的文獻對企業極具參考價值。

mBio、mSphere和mSystems都是公開取用(open access)文獻,在ASM期刊網站上即可檢索下載,有效降低企業取得文獻的障礙。

 

三、如何使用ASM Journals美國微生物學會期刊

美國微生物學會期刊檢索資料庫的首頁如圖1顯示,首先是期刊的權威性數據,依據首頁資料,97%的ASM期刊收錄文獻在發表後兩年內被引用、ASM期刊收錄文獻佔所有微生物學研究的參考文獻的44%、平均審查天數為31天、ASM期刊網站的年度網頁及PDF全文閱覽和下載量是8300萬次。圖1右上角有登入和免費註冊帳號功能,登入帳號的功能是投稿管理和儲存文獻檢索結果,不登入帳號也可使用ASM期刊檢索功能。

圖1

圖1、ASM Journals美國微生物學會期刊首頁

 

(一)期刊檢索功能

點選ASM首頁右上角的放大鏡圖示會出現如圖2的ASM期刊的檢索功能框,簡易檢索可以輸入關鍵字、作者、文獻編碼等資訊,簡易檢索下方有五項ASM的推薦檢索主題,有兩項與投稿者有關,分別是作者資訊(author information)和論文發表費(publication fees);遷移資訊(migration information)是ASM期刊於2021年改變網址的訊息;新冠肺炎特輯(Covid-19 collection)收錄ASM 16種期刊中與新冠肺炎有關的文獻,便於社會大眾查閱有關新冠肺炎的最新研究現況。ASM期刊特輯(ASM journals collections)是16種期刊各自的選集,在每一期刊內設定多個主題並選錄文獻,呈現該期刊的核心研究議題。

圖2

圖2、ASM期刊簡易檢索

 

ASM的簡易檢索有推薦檢索字詞功能,隨著使用者的輸入動態調整,例如圖3在輸入cov或covid時,系統推薦的檢索字詞會隨之不同,點選「COVID-19」後,代入簡易檢索條件,得到圖4的檢索結果。

圖3

圖3、推薦檢索字詞

 

圖4

圖4、檢索結果

 

點選進階檢索(advanced search)出現圖5頁面,可以選擇標題、作者或關鍵字輸入查詢字詞,點選增加欄位功能最多可增加6個查詢欄位;主題(Topic)指欲查詢的文獻與哪個主題有關,可使檢索結果更為精確。進階檢索的使用技巧有以下幾點:

  1. 布林檢索:可使用AND、OR和NOT構成檢索式,如果在多個檢索字詞之間沒使用布林運算符,系統預設為AND關係。
  2. 作者檢索:如需搜索多個作者,需使用AND或OR分隔每個作者姓名,使用AND將檢索由兩個以上作者共同創作的內容,使用OR將檢索任一作者創作的內容。
  3. 短語檢索:用引號將檢索詞括起來,將檢索完全匹配該短語的文獻,例如,檢索“cell therapy”將找到包含該確切短語的文獻,而非散見cell和therapy於文章不同處的文獻。
  4. 通配符:在檢索字詞中使用問號(?)表示任意一個字符,使用星號(*)表示零或多個字符。例如,檢索Europe*將找到包含Europe和European的結果。通配符不能使用在檢索字詞的開頭或短語檢索。
  5. 數位物件識別碼(Digital Object Identifier,DOI)檢索:輸入格式為10.3366/code.2016.0000,不要添加http://dx.doi.org/於號碼之前。

圖5

圖5、ASM期刊進階檢索

 

 

(二)檢索結果

檢索結果頁面如圖4分為左側篩選功能區和右側檢索清單,ASM提供已使用的檢索條件(applied filters)、依文獻類型篩選(article type)、出版年(publication date)、期刊名稱(publication)、作者(author)以及是否公開取用文獻(open access)等篩選文獻的功能,依照需求選擇後,系統會自動更新頁面。

圖4可見共找出1049筆符合檢索條件的文獻,為了限縮檢索結果,進一步篩選評論性文章(Review Article),共得到如圖6的60篇文獻,並以發表日期由新到舊排序呈現檢索清單。

檢索清單列表顯示簡易書目資料,在第一筆檢索文獻「The Impact of Evolving SARS-CoV-2 Mutations and Variants on COVID-19 Vaccines」的標題上方依序標示本文屬於公開取用文獻、期刊名稱、文獻性質是短篇研究回顧(Minireview)以及出版日期。解開的鎖頭圖案表示公開取用文獻,黑底白色勾勾圖案表示該文獻不是公開取用文獻。

點選文獻的名稱會開啟圖7的書目資料頁,ASM提供額外資訊供使用者進一步追蹤。點選作者姓名後方的綠色標誌,會開啟圖8的ORCID(Open Researcher and Contributor ID,開放型研究者與投稿者識別碼)頁面,表列該作者所有的發表著作。

點選作者資訊和所屬機構(authors info & affiliations),開啟如圖9的快顯視窗且有兩個頁籤,分別是對本文有貢獻者(Contributor)和發表資訊(Information),提論文作者、審查編輯、期刊資訊與關鍵字等,在發表資訊最下方有PDF下載連結,只要屬於公開取用文獻都可直接下載。

ASM提供文獻版本的查詢服務,點選圖10的檢查更新(Check for updates),以快顯視窗提示本文獻發表後的現況並記載文獻的作者、研究經費來源、作者授權的使用文獻資訊等。依照ASM的政策,會出現此處的更新訊息有四種:

  1. 拼寫造成的勘誤。
  2. 作者更正姓名或引用文獻以及與研究方法有關的錯誤,但僅限於不會改變已發表文章的整體基本結果或結論的錯誤,如果涉及變更作者、數據或其他重大議題,各方需以書面表示同意,必要時會徵詢編輯的意見。
  3. 對論文中的特定問題進行澄清和重新審查,且作者將回覆提問。
  4. 撤稿,撤回出現重大錯誤或違反道德規範的論文,例如數據來源可疑或對實驗結果和文獻結論的有效性有疑問。

書目資料頁在文獻標題下方提供四個功能選項,分別是追蹤後續文獻引用本文狀況(Track citations)、檢視引用(View citations)、顯示全文(Full text)以及PDF/EPUB檢視。追蹤後續文獻引用本文狀況需登入帳號後才能執行,等引用本文的新文獻出現才會通知使用者;EPUB (Electronic Publication,電子出版)是一種電子圖書標準,可以在瀏覽器中開啟EPUB文件,ASM提供切換PDF和EPUB檔案格式的選項,如圖11所示預設是EPUB,在EPUB模式可調整切換字體大小和版面設定,同時提供PDF和EPUB格式檔案下載。

圖6

圖6、限縮檢索結果

 

圖7

圖7、期刊書目資料頁

 

圖8

圖8、ORCID

 

圖9

圖9、作者資訊和所屬機構

 

圖10

圖10、文獻更新查詢

 

圖11

圖11、PDF/EPUB文獻檔案下載

 

(三)投稿功能介紹

圖1下方是ASM作者中心(ASM Author Center),提供期刊投稿功能,點選提交(Submitting)功能將開啟有五大功能區的圖12網頁,操作順序是上傳稿件(Submitting Your Manuscript)、提供研究資金訊息(Providing Funding Information)、ASM期刊的編輯政策(Editorial Policies)、利益衝突(Conflict of Interest)、接受以任何檔案格式提交稿件(Format-Neutral Submissions)。

點選上傳稿件功能區,進入後呈現圖13左側網頁,選擇欲投稿之期刊名稱後,進入圖13右側該期刊的登入頁面,請登入帳號後依網頁說明完成投稿流程。

圖12

圖12、提交稿件功能

 

圖13

圖13、特定期刊投稿

 

(四)ASM特輯及期刊

ASM設定主題並從16種期刊挑選各自的特輯,全部的特輯清單可點選圖14的觀看更多(View More)連結進入,頁面將顯示16種期刊的全部特輯,例如AAC是抗菌藥物和化療(Antimicrobial Agents and Chemotherapy)期刊,共有3個特輯,分別是該期刊被引用次數最多的文獻(Top Cited)、最新和值得注意的文獻(New and Notable)、具有挑戰性的臨床案例(Challenging and Clinical Cases),選擇觀看特輯(View Collection)將顯示該特輯的論文清單。

ASM首頁的最下方是16種期刊的連結,由圖15可見屬於初級研究(primary research)的期刊有10種,泛指依據第一手原始資料進行的研究,其中微生物學與生物學教育期刊(Journal of Microbiology & Biology Education)、mBio(微生物學)、微生物學資源公告(Microbiology Resource Announcements)、微生物學譜(Microbiology Spectrum)、mSphere(微生物領域)、mSystems(微生物系統)等6種是公開取用期刊,這些期刊的文獻都可讓公眾自由下載閱覽。

ASM有3本評論期刊(Review Journals),於圖16所見是臨床微生物學評論(Clinical Microbiology Reviews)、微生物學和分子生物學評論(Microbiology and Molecular Biology Reviews)以及EcoSal Plus(大腸桿菌、沙門氏菌及其他腸桿菌期刊);存檔過刊(Archive Journals)則是臨床和疫苗免疫學(Clinical and Vaccine Immunology)、真核細胞(Eukaryotic Cell),這兩本期刊已於2018年和2016年整併至mSphere(微生物領域)。

圖14

圖14、ASM特輯

 

圖15

圖15、ASM期刊(1)

 

圖16

圖16、ASM期刊(2)

 

四、總結

ASM提供的期刊雖僅16種但都是微生物學界的重要刊物,最大特色是提供多種特輯,便於研究者閱覽並獲得完整的研究進展,值得推薦給對微生物領域感興趣的專業人士或公眾使用。

 

 

 

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